Как известно, противоречия между правительством царевны Софьи и патриархом Иоакимом нарастали по мере дипломатической подготовки к заключению Вечного мира с Речью Посполитой и вступлению Московского царства в Священную лигу против Османской империи, созданную и формально возглавляемую папой римским Иннокентием XI... Правительство царевны Софьи было вынуждено при этом пойти на уступки по вопросу о правах католиков в России: в частности, было принято положительное решение о постоянном проживании в Москве иезуитов и католических священников, которым позволялось проводить богослужение в специально отведенном доме и даже содержать школу. Эти действия правительства Софьи вызвали сильнейшее противодействие со стороны патриарха Иоакима и церковных иерархов, увидевших в них первые шаги в сторону церковной унии.
читать дальше
Нет никаких сомнений в том, что Иоаким и его агенты всерьез опасались за будущее Русской православной церкви при последовательной реализации политики Софьи и В. В. Голицына. Иржи Давид, католический священник, служивший в Немецкой слободе в Москве в 1686–1689 гг., в отчете о своей миссии 1690 г. писал, что в какой-то момент «патриарх перестал разговаривать с князем Голицыным, поскольку был уверен, что мы были допущены в Москву для того, чтобы внедрять союз Церквей. Когда мой товарищ появился в столице, патриарх, говорят, сказал со вздохом и со слезами: „После моей смерти вся Москва станет иезуитской“». Конечно, Давид передавал слухи, но они не были совершенно беспочвенными.

Церковный собор патриарха Иоакима весны 1687 г. против брадобрития следует рассматривать в контексте обострения политического противостояния между правительством царевны Софьи и Нарышкиными, которое именно в это время перешло в острую фазу. Как известно, начиная с 1686 г. Софья и ее сторонники предпринимают решительные шаги, направленные на легитимизацию ее статуса как правительницы. Между прочим в 1687 г. в кругу сторонников Софьи обсуждалась возможность ее венчания на царство, в связи с чем была напечатана
знаменитая гравюра, на которой Софья изображалась с короной, скипетром и державой. В августе 1687 г. Ф. Л. Шакловитый, обсуждая со стрельцами вопрос о возможном венчании царевны Софьи на царство, допускал, что для успешного осуществления этого плана потребуется «святейшего патриарха переменить, а взять бы изо властей или и простого старца»...
Не случайно после августовского переворота 1689 г., поддержанного патриархом Иоакимом, розыскная комиссия о Ф. Л. Шакловитом и его сообщниках параллельно с расследованием заговора на жизнь Петра и его матери Натальи Кирилловны рассматривала и намерение сторонников царевны Софьи совершить церковный переворот. В числе главных заговорщиков фигурировал глава партии «латинистов» Сильвестр Медведев, которого всерьез подозревали в намерении убить патриарха Иоакима, занять его место, а затем осуществить церковную унию...

...Переворот 1689 г., являвшийся, с точки зрения книжников патриаршего круга, политическим ответом на попытку совершить «церковную революцию», стал крупной политической победой Иоакима, который находился в числе его первых бенефициаров. Уже в начале октября 1689 г., сразу после завершения работы розыской комиссии о Ф. Л. Шакловитом и его сообщниках, по настоятельному «святейшаго патриарха и всего Освященнаго собора прошению» из Москвы были в срочном порядке высланы иезуиты, которым на сборы и продажу двора в Немецкой слободе выделили всего два дня. В качестве причины такой резкой перемены было объявлено, что «они Святой Соборной Восточной Апостольской Церкви и догматам ея чинят противность и раскол, и людей прельщают, и римской своей вере научают». Несколько недель спустя был опубликован указ, ужесточивший порядок въезда в страну выходцев из Западной Европы. В январе 1690 г. состоялся Собор, осудивший «хлебопоклонную ересь» и поставивший жирную точку в известном богословском споре между партиями «латинофилов» и «грекофилов» второй половины 1680‐х гг.
По словам И. В. Курукина, «переворот 1689 г., утвердивший власть Петра I, был, вопреки обычным представлениям, не победой молодого реформатора над косным боярством, а скорее консервативной реакцией на западническую и „латинофильскую“ политику правительства Софьи и Голицына».

Е. Акельев «Русский Мисопогон»